1. 結論
はい、年収2,000万円超で年末調整対象外の従業員であっても、「給与支払報告書（市区町村提出用＝給報）」に扶養親族等を記載するなら、その扶養親族等のマイナンバーも原則として記載が必要です。
年末調整の対象外かどうかは、給報にマイナンバーを載せる要否を左右しません（給報の様式・記載要領に従います）。 (国税庁)
2. 思考プロセスと根拠
ステップ1：質問の論点整理
論点は「年収2,000万円超で年末調整しない人について、市区町村提出の給与支払報告書（給報）に扶養親族のマイナンバー記載が必要か」です。
ステップ2：適用除外等の確認（前提の整理）
年収2,000万円超の人は年末調整の対象外です（＝会社が年末調整で精算しない）。
（根拠：国税庁 タックスアンサー「年末調整のしかた（No.2662）」、出典：https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2662.htm） (国税庁)ただし「年末調整しない＝源泉徴収票・給報を作らない」ではなく、年末調整をしない人でも、（一定の場合）源泉徴収票は“全部”提出対象と整理されています（主たる給与2,000万円超はその類型に明記）。
（根拠：国税庁「第2 給与所得の源泉徴収票（給与支払報告書）」提出範囲(4)ロ、出典：https://www.nta.go.jp/publication/pamph/hotei/tebiki2025/PDF/02.pdf） (国税庁)
ステップ3：詳細（給報に扶養親族マイナンバーが要るか）
国税庁の記載要領では、市区町村に提出する給与支払報告書には、16歳未満扶養親族のマイナンバーも記載する旨が明記されています。
（根拠：国税庁「第2 給与所得の源泉徴収票（給与支払報告書）」㉓注3、出典：https://www.nta.go.jp/publication/pamph/hotei/tebiki2025/PDF/02.pdf） (国税庁)また、控除対象扶養親族等が5人以上の場合は、5人目以降の“控除対象扶養親族等のマイナンバー”を（備考欄に）記載する取扱いです。
（根拠：同 ㉔（備考）・㉙（摘要）注、出典：https://www.nta.go.jp/publication/pamph/hotei/tebiki2025/PDF/02.pdf） (国税庁)さらに、自治体側の案内でも、給与支払報告書（個人別明細書）には「給与受給者の個人番号＋扶養親族等の個人番号」を記載することが、番号法の趣旨として周知されています。
（根拠：宇都宮市「給与支払報告書にはマイナンバーの記載が必要」等、出典：https://www.city.utsunomiya.lg.jp/kurashi/zeikin/shinzei/1003632.html） (宇都宮市公式ウェブサイト)
➡️ 以上より、年収2,000万円超で年末調整対象外でも、給報に扶養親族等を載せるなら、その扶養親族等のマイナンバー記載は必要、という結論になります。
3. 根拠資料一覧
国税庁「第2 給与所得の源泉徴収票（給与支払報告書）」（記載要領）
出典：https://www.nta.go.jp/publication/pamph/hotei/tebiki2025/PDF/02.pdf(国税庁)国税庁 タックスアンサー「No.2662 年末調整のしかた」
出典：https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2662.htm(国税庁)宇都宮市「給与支払報告書にはマイナンバー（扶養親族等の個人番号を含む）の記載が必要」
出典：https://www.city.utsunomiya.lg.jp/kurashi/zeikin/shinzei/1003632.html(宇都宮市公式ウェブサイト)
4. 注意事項・リスク
「扶養親族の情報自体を給報に載せるか（載る状態か）」と「載せるならマイナンバーが必要か」は別問題です。載せる設計（扶養控除等申告書に基づき扶養親族等を記載する運用）なら、番号が必要になります。 (国税庁)
扶養親族等のマイナンバーが未記載だと、自治体から照会が来たり、住民税計算が遅れるなど実務影響が出ることがあります（自治体案内で注意喚起されがちです）。 (宇都宮市公式ウェブサイト)
マイナンバーは特定個人情報なので、収集・保管・アクセス制御・廃棄の社内ルール（番号法対応）が前提になります（「とりあえず集める」運用は危険）。
5. 免責事項
本回答は、提供された情報と、指定された日時（2025年12月26日）に行われたリアルタイム検索に基づく公開情報により、AIが生成したものです。これは法的な助言や最終的な専門的判断を提供するものではなく、あくまで専門家による検証のたたき台となる参考情報です。個別の具体的な事案への適用にあたっては、必ず専門家が最終的な判断を行ってください。
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