1. 結論

結論（社内実務）：障害者控除を適用して年末調整を行うなら、年末調整実施前までに最低限「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を回収し、障害者該当性が客観的に確認できる資料（手帳等の写しや市区町村の認定書の写し等）を社内で確認しておくのが適切です。税務署からの提出依頼が来るまで一切回収しない運用は推奨できません（源泉徴収義務者として適用可否の確認責任があるため）。根拠資料の提示を求められた際に備え、申告書等は7年間保存が必要です。（根拠：国税庁No.1160、No.2503）国税庁+1
例外・厳格要件のあるケース：国外居住の親族を障害者控除の対象にする場合は、年末調整時までに「親族関係書類」や「送金関係書類」の提出又は提示が必要（未回収だと適用不可）。国税庁

2. 思考プロセスと根拠

ステップ1（論点整理）
「税務署から求められるまで証拠書類を回収しない」運用が許容されるか。年末調整時点での会社の確認責任と保存義務、国外親族等の追加要件の有無を確認。

ステップ2（適用除外の有無：簡易フロー）

障害者控除の該当範囲は手帳・市町村長等の認定・戦傷病者手帳・原爆認定・寝たきり等を含む（=該当性の客観的事実が必要）。国税庁
国外親族は年末調整までに親族関係書類・送金関係書類が必須（提出/提示が要件）。国税庁
→ よって「依頼があるまで未回収」の運用は、国外親族では不可、国内親族でも確認責任の観点から不適切。

ステップ3（詳細解釈：一次情報）

ステップ4（自己批判・リスク検討）

法令・通達に「国内親族の手帳写しを必ず会社が保管せよ」という明文義務は限定的だが、適用可否を判断したことを説明できる体制（写しの保管または提示記録）は必要。適用後に誤りが判明すると源泉徴収誤りの是正が必要になるリスクがある（後述）。
電子申告・電子年調でも、確認資料の保存・提示義務の可能性は残る（紙の添付省略＝確認不要ではない）。国税庁

国税庁タックスアンサー No.1160 障害者控除（該当範囲・定義）https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1160.htm 国税庁
国税庁タックスアンサー No.2503 給与所得者の扶養控除等申告書等の保存期間（7年保存）https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2503.htm 国税庁
国税庁 年末調整のしかた（総合案内）（年末調整では申告書の情報で障害者控除等を確認）https://www.nta.go.jp/users/gensen/nencho/index/shikata.htm 国税庁
国税庁 No.1160（Q&A）日本国外に住む親族を障害者控除の対象とする場合（親族関係書類・送金関係書類は年末調整までに提出/提示が必要）https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1160_qa.htm 国税庁
国税庁 年末調整手続の電子化Q&A（PDF）（電子でも提出又は提示の考え方が残る）https://www.nta.go.jp/users/gensen/nenmatsu/pdf/nencho_faq.pdf 国税庁

国内親族の場合：法令上、常に「写しの提出義務」が明記されていない場面もありますが、適用可否の確認責任は会社側にあります。手帳等の写しの保管または**提示を受けた記録（閲覧日・種別・番号等）**を残す運用を推奨。
国外親族の場合は要件厳格：年末調整までの提出/提示が必要。未回収ならその年の年末調整で障害者控除を適用しない（本人に確定申告で対応してもらう）判断が安全です。国税庁
誤適用リスク：証拠確認なしで控除適用→後日否認時は過少申告相当の精算・追徴が生じ、源泉所得税の修正・徴収や住民税更正対応が必要になり得ます。
保存義務：申告書等は7年間保存。税務調査・照会に備えて、回収・保管のフローを就業規則/年調要領に明文化しましょう。国税庁