1. 結論
原則は「その日のシフト（＝その日の所定労働時間）」で計算します。
ご質問のケース（労働契約上4時間だが、その日は3時間シフト）で、会社が年休賃金を「通常の賃金」で支払う運用なら、3時間分で支払います。 (startup-roudou.mhlw.go.jp)
2. 思考プロセスと根拠
ステップ1：質問の論点整理
論点は「年次有給休暇を取得した日の賃金を、契約上の所定（4h）で払うのか、その日のシフト（3h）で払うのか」。
ステップ2：適用除外等の確認（簡易判定）
年休の賃金は、法律上 (1)平均賃金 (2)通常の賃金 (3)標準報酬日額 のいずれかで支払う必要があり、その都度都合よく選べません（就業規則等であらかじめ定める運用が前提）。 (startup-roudou.mhlw.go.jp)
→ よって「3時間か4時間か」は、まず 会社がどの方式（(1)〜(3)）を採用しているかで結論が分かれます。
ステップ3：詳細解釈（本質分析）
3-1. 会社が「通常の賃金」方式の場合（現場で最も多い）
厚労省の解説では、時間給の場合の「通常の賃金」＝時間給×その日の所定労働時間数とされています。 (startup-roudou.mhlw.go.jp)
さらに、シフトにより日ごとに所定労働時間が異なるパートの年休手当は、年休当日の所定労働時間に対応した金額になる旨が、労働局資料のQ&Aで明示されています。
→ このため、その日の所定労働時間＝シフト3時間なら、3時間分で計算します。
（例）時給1,200円、当日シフト3時間 → 年休賃金 1,200×3＝3,600円
3-2. 会社が「平均賃金」方式の場合
この方式だと、過去3か月の賃金等から算定するため、「その日が3時間か4時間か」では直接決まりません（日額計算になります）。 (startup-roudou.mhlw.go.jp)
3-3. 会社が「標準報酬日額（標準報酬月額×1/30）」方式の場合
労使協定が必要な方式で、こちらも基本は日額で、シフト3時間／4時間で直接決まりません。 (startup-roudou.mhlw.go.jp)
3. 根拠資料一覧（公的資料）
※URLはコードブロック内に記載します（本日 2025-12-24 時点で確認）。
1) 厚生労働省「スタートアップ労働条件（Q&A）年次有給休暇を取得した日の賃金」
https://www.startup-roudou.mhlw.go.jp/qa/zigyonushi/yukyu/q5.html
2) 厚生労働省（愛知労働局）資料「年次有給休暇のポイント」
https://jsite.mhlw.go.jp/aichi-roudoukyoku/var/rev0/0119/6638/2016114113521.pdf
3) 厚生労働省資料「年次有給休暇の時間単位付与（リーフレット）」
https://www.mhlw.go.jp/content/11200000/tp1216-1l-04.pdf
4) 厚生労働省資料「年次有給休暇の付与日数は法律で決まっています（Q&A付き）」
https://www.mhlw.go.jp/new-info/kobetu/roudou/gyousei/dl/140811-3.pdf
4. 注意事項・リスク
就業規則（または賃金規程）で、年休賃金の方式（平均賃金／通常の賃金／標準報酬日額）を固定しているかが最重要です。方式を「安い方」に都度切替えるのは不可とされています。 (startup-roudou.mhlw.go.jp)
ご質問の「契約上4時間」と「当日シフト3時間」の関係は、契約書・シフト決定ルール次第で実務論点（合意の有無、運用の整合性等）が出ます。ただし**年休賃金の計算自体は、通常の賃金方式なら当日シフト基準（3時間）**が基本線です。 (startup-roudou.mhlw.go.jp)
「時間単位年休」を使っている場合、1時間あたり賃金の算定で「その日の所定労働時間数」を使う整理も必要になります。
5. 免責事項
本回答は、提供された情報と、指定された日時に行われたリアルタイム検索に基づく公開情報により、AIが生成したものです。これは法的な助言や最終的な専門的判断を提供するものではなく、あくまで専門家による検証のたたき台となる参考情報です。個別の具体的な事案への適用にあたっては、必ず専門家が最終的な判断を行ってください。
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