1. 結論
法的には、36協定の「有効期間（起算日〜）」を各事業場で統一する義務はありません。（事業場ごとに別期間でも可）
一方で、異動がある会社ほど「統一した方が実務が安全・楽」になりやすいです。特に 本社一括届出を使いたい場合は、各事業場で協定内容が同一である必要があるため、結果として期間も揃える運用が一般的です。
（根拠：36協定は事業場ごとに届出する手続であること／本社一括届出の要件（内容同一）等、出典：(e-Gov電子申請)）
2. 思考プロセスと根拠
ステップ1：質問の論点整理
ご質問の本質は、
36協定は「事業場ごと」に運用されるので、期間を揃えないと異動時に適用期間が混乱する
そのため 統一した方がよいのか（法的要否＋実務の最適解）
という点です。
ステップ2：そもそもの前提（適用対象外がないか）
36協定は、就業規則と違って、事業場の規模にかかわらず（1人の事業場でも）時間外・休日労働をさせるなら締結・届出が必要です。
（根拠：労働局FAQ「事業場の規模にかかわらず…36協定を締結・届出することが必要」、出典：）
→ つまり異動で小規模事業場へ移っても、「その事業場で残業・休日労働が起こり得る」なら、期間管理も含めて36協定運用が必要になります。
ステップ3：詳細（法的には統一不要／実務では統一メリット大）
3-1. 法的に「統一しなければならない」わけではない
36協定は、使用者が協定を所轄労働基準監督署長に届け出ることで、その協定の範囲で時間外・休日労働が可能になる建付けで、手続自体が「事業場」ベースです。
（根拠：e-Gov電子申請の手続説明（所轄労基署長への届出）、出典：(e-Gov電子申請)）したがって、事業場Aは4/1起算、事業場Bは11/1起算のような運用自体は、直ちに違法とはされません（ただし管理難度は上がります）。
3-2. ただし「統一すると楽になる」理由（異動・上限管理・監査対応）
36協定では「1年」「3か月以内」等の単位で上限管理を行うため、起算日（どこから数えるか）を明らかにする必要があり、起算日は有効期間の開始日に合わせるのが望ましい趣旨の公的説明があります。
（根拠：労働局資料「起算日を明らかにする必要」「起算日はなるべく有効期間の開始日と一致」、出典：）異動で事業場が変わると、適用される36協定（＝上限をカウントする“1年”の区切り）が切り替わるため、
「この人の“今年（1年）”はどこからどこまで？」
「旧事業場で既に何時間使っている？」
が分かりづらくなります。
→ 結果として、**上限超過（うっかり違反）**や、労基署調査・社内監査での説明負荷が上がりがちです。
3-3. 本社一括届出を使うなら「統一」に寄せるのが現実的
厚労省は、時間外・休日労働協定届（36協定届）について本社一括届出が可能であることを案内しています。
（根拠：厚労省「労働基準法等の規定に基づく届出等の電子申請について」、“時間外・休日労働協定届…本社一括届出を行うことが可能”、出典：(厚生労働省)）労働局資料では、本社一括届出の要件として、（一部項目を除き）本社と各事業場の36協定の内容が同一であること等が整理されています。
（根拠：東京労働局資料「内容（協定当事者を含む）が同一」、出典：(都道府県労働局)）
実務的には「内容同一」を満たすため、起算日・有効期間も揃える設計にする会社が多いです（期間をバラバラにすると“同一”から外れやすい）。
3. 根拠資料一覧
1) 厚生労働省「労働基準法等の規定に基づく届出等の電子申請について」
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000184033.html
2) e-Gov電子申請「時間外労働・休日労働に関する協定届（各事業場単位による届出）」
https://shinsei.e-gov.go.jp/recept/procedure/lists/procedureInformation?gtaTetCd=4950013320677
3) 愛知労働局 FAQ（36協定：事業場規模にかかわらず必要 等）
https://jsite.mhlw.go.jp/aichi-roudoukyoku/content/contents/001016535.pdf
4) 東京労働局「36協定の一括届出について（内容同一要件等）」
https://jsite.mhlw.go.jp/tokyo-roudoukyoku/content/contents/001017660.pdf
5) 東京労働局「時間外・休日労働に関する協定届（起算日と有効期間の説明）」
https://jsite.mhlw.go.jp/tokyo-roudoukyoku/var/rev0/0145/3504/201417102954.pdf
4. 注意事項・リスク（実務で事故りやすい所）
期間を統一しない場合の事故ポイント：異動月に「どの事業場の36協定でカウントしているか」が曖昧になり、上限超過や説明不能が起きやすいです（特に特別条項運用があると一気に難しくなります）。
“その事業場で残業させるなら”規模に関係なく36協定が要るため、異動先が小規模でも油断できません。
本社一括届出を狙うなら、各事業場で「内容同一」を満たす設計（期間も含めて揃える運用）が無難です。 (都道府県労働局)
期間を揃えない場合は、最低限、
「従業員が属する事業場（実勤務場所）」と
「適用される36協定（起算日・有効期間）」
を人事異動のたびに紐づけて、残業集計ロジックを切替できる台帳・システムが必要です。
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