1. 結論
はい、ひとり親控除は（会社の年末調整で反映してもらうには）原則として本人の申告が必要です。
そして奉行（給与システム）が勝手に判定しないのは、会社が源泉徴収・年末調整を行う際に「本人が提出した申告書の記載内容」を前提に税額計算する制度設計で、会社側の推測で控除を入れると過少徴収などのリスクが高いためです（＝システムもその前提で作られているため）。
2. 思考プロセスと根拠
ステップ1：論点整理
論点A：ひとり親控除は「申告しないと受けられない」か
論点B：奉行が「勝手に判定」できない（しない）理由
ステップ2：適用対象外などの簡易確認（まず要件）
ひとり親控除は、誰でも自動で当てはまる控除ではなく、年末（原則12/31）時点の個別事情で判定します。要件は概ね次の3点です。
事実婚（同様の事情の人）がいない
生計を一にする子がいる（子の所得要件あり）
合計所得金額が500万円以下
（根拠：国税庁 タックスアンサー「No.1171 ひとり親控除」、出典：https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1171.htm） (国税庁)
※子の所得要件（総所得金額等）は、制度改正の注記があり得ます（同ページ注記）。 (国税庁)
このように、本人の婚姻状況・同居関係・子の状況・所得見込みなど、会社（給与システム）が外形的に自動判定しにくい情報が前提になります。
ステップ3：なぜ「申告が必要」になり、奉行も自動判定しないのか
(1) 源泉徴収は「扶養控除等申告書を出したかどうか」で税額表の使い方が変わる
国税庁は、給与の源泉徴収で「扶養控除等申告書」を提出している人は税額表の甲欄、提出していない人は乙欄を使う、と明記しています。
（根拠：国税庁「No.2511 税額表の種類と使い方」、出典：https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2511.htm） (国税庁)
（根拠：国税庁「No.2110 事業主がしなければならない源泉徴収」、出典：https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2110.htm） (国税庁)
さらに税額表の説明でも、税額計算は「扶養控除等申告書により申告された…」情報を使う前提です。
（根拠：国税庁「給与所得の源泉徴収税額表（令和7年分）」、出典：https://www.nta.go.jp/publication/pamph/gensen/zeigakuhyo2024/data/01-07.pdf） (国税庁)
➡ つまり、会社・奉行が“勝手に”控除を入れる設計ではなく、従業員が申告書で申告した内容を入力して反映する設計です。
(2) 年末調整でも、寡婦控除・ひとり親控除は「扶養控除等申告書の情報から確認」する建付け
国税庁の年末調整案内では、扶養控除等申告書の情報から（扶養控除、障害者控除、寡婦控除、ひとり親控除、勤労学生控除など）を確認する旨が示されています。
（根拠：国税庁「令和7年分年末調整のしかた」、出典：https://www.nta.go.jp/users/gensen/nencho/index/shikata.htm） (国税庁)
(3) 会社が推測で控除を入れると、過少源泉・年末調整誤りのリスクが会社側に乗る
要件誤認（例：事実婚扱い、子の所得見込み超過、合計所得500万超など）があると、年末調整で追徴になったり、源泉徴収事務として誤りになります。
そのため、実務・システムともに「本人の申告（チェック・記載）→会社が反映」という流れになります（申告書の訂正・申告の取扱いはFAQでも触れられています）。
（根拠：国税庁「ひとり親控除及び寡婦控除に関するFAQ（源泉所得税関係）」、出典：https://www.nta.go.jp/publication/pamph/pdf/0020004-145.pdf） (国税庁)
3. 根拠資料一覧（公的資料）
国税庁 タックスアンサー No.1171「ひとり親控除」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1171.htm(国税庁)国税庁 タックスアンサー No.2511「税額表の種類と使い方」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/gensen/2511.htm(国税庁)国税庁 タックスアンサー No.2110「事業主がしなければならない源泉徴収」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2110.htm(国税庁)国税庁「給与所得の源泉徴収税額表（令和7年分）」
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/gensen/zeigakuhyo2024/data/01-07.pdf(国税庁)国税庁「ひとり親控除及び寡婦控除に関するFAQ（源泉所得税関係）」
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/pdf/0020004-145.pdf(国税庁)国税庁「令和7年分年末調整のしかた」
https://www.nta.go.jp/users/gensen/nencho/index/shikata.htm(国税庁)
4. 注意事項・リスク
「事実婚（同様の事情）」の有無や、子の所得見込みなど、会社が外形的に判定できない要素が多く、誤ると年末調整で追徴になり得ます（No.1171参照）。 (国税庁)
年末調整は主たる給与（甲欄）前提の運用が基本なので、複数給与など状況によっては年末調整では完結せず、確定申告が必要になるケースがあります（税額表・源泉の枠組み上）。 (国税庁)
申告漏れがあっても、最終的には確定申告等で精算できますが、社内オペレーション上は「申告書提出→システム反映」が安全です。 (国税庁)
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