結論
はい、従業員が「乙欄」適用（＝主たる給与の扶養控除等申告書を提出していない）でも、原則としてマイナンバーは回収（取得）します。
理由は、給与支払報告書（住民税）や、税務署へ提出する給与所得の源泉徴収票等の作成・提出にマイナンバー記載が必要だからです。 (国税庁)
思考プロセスと根拠
ステップ1：質問の論点整理
論点A：乙欄（扶養控除等申告書未提出）だと、マイナンバー取得は不要になるか？
論点B：給与支払者として、どの帳票作成・提出にマイナンバーが必要か？
ステップ2：適用除外の確認（簡易判定）
「税務署等に提出する法定調書を提出しないことが明らかな場合は、個人番号関係事務が生じず、マイナンバー取得は認められない」という整理があります。
（根拠：国税庁「法定調書に関するFAQ」趣旨） (国税庁)ただし、従業員に給与を支払う限り、通常は
市区町村へ提出する給与支払報告書（住民税）
（提出対象なら）税務署へ提出する給与所得の源泉徴収票
を作成する実務になり、これらはマイナンバー記載を前提に案内されています。
よって、乙欄だからといって「提出しないことが明らか」にはなりにくく、結論として回収が必要になります。 (国税庁)
ステップ3：詳細根拠（本質分析）
給与支払者は、給与所得の源泉徴収票を「支払った受給者について作成・交付」し、税務署に提出する分についてはマイナンバー記載が必要とされています。
※ただし、本人に交付する源泉徴収票にはマイナンバーは記載しない取扱いです。
（根拠：国税庁タックスアンサー No.7411／法定調書の手引） (国税庁)また、（源泉徴収票／給与支払報告書の様式記載要領として）「個人番号」欄に受給者のマイナンバーを記載する旨が明記されています（交付分は除く）。
（根拠：国税庁「給与所得の源泉徴収票（給与支払報告書）」記載要領） (国税庁)さらに、民間事業者が従業員等のマイナンバーを取得し、源泉徴収票や社会保険届出等に記載して提出する必要がある旨が、政府のFAQでも整理されています。
（根拠：デジタル庁 FAQ） (デジタル庁)取得後の取扱い（利用目的の特定・安全管理等）については、個人情報保護委員会の「事業者編ガイドライン」で枠組みが示されています。 (PPC)
根拠資料一覧（公的資料）
国税庁「No.7411『給与所得の源泉徴収票』の提出範囲と提出枚数等」 (国税庁)
国税庁「給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引（令和7年分）」 (国税庁)
国税庁「第2 給与所得の源泉徴収票（給与支払報告書）」（記載要領PDF） (国税庁)
デジタル庁「よくある質問：民間事業者における取扱いについて」 (デジタル庁)
個人情報保護委員会「特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）」 (PPC)
国税庁「法定調書に関するFAQ」（取得が認められる範囲の考え方） (国税庁)
注意事項・リスク
乙欄でも「回収不要」とはならない：乙欄は源泉徴収税額の計算区分であって、給与支払者としての法定調書・給与支払報告書対応が消えるわけではありません。 (国税庁)
交付用の源泉徴収票にマイナンバーは印字しない：回収はするが、従業員に渡す票には載せない運用が必要です。 (国税庁)
「提出しないのが明らか」なら取得自体がNGになり得る：番号は「何となく将来のため」に集められず、取得の必要性（個人番号関係事務）を説明できる状態が安全です。 (国税庁)
取得・保管は安全管理措置が前提：利用目的の特定、アクセス制限、保管期間、委託管理など、社内ルール整備が必要です。 (PPC)
提供を拒まれた場合：実務上は、取得の依頼・理由説明・記録など慎重対応が必要で、e-Tax/eLTAX提出やマイナポータル連携にも影響し得ます（番号が無いと連携対象外になる旨の注意もあります）。 (国税庁)
免責事項
本回答は、提供された情報と、指定された日時（2025年12月23日）に行われたリアルタイム検索に基づく公開情報により、AIが生成したものです。これは法的な助言や最終的な専門的判断を提供するものではなく、あくまで専門家による検証のたたき台となる参考情報です。個別の具体的な事案への適用にあたっては、必ず専門家が最終的な判断を行ってください。
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