結論
「月平均所定労働時間」を“切り上げ”て（分母を大きくして）残業の基礎単価を計算するのは、残業単価が下がって割増賃金が不足するおそれがあるため、避けるべきです。
端数処理をするなら、原則は「労働者に不利にならない（少なくとも不足が出ない）」方法に寄せるのが安全です（＝平均所定労働時間は小数で保持、または切り捨て等）。 (労働局所在地一覧)
思考プロセスと根拠
ステップ1：質問の論点整理
論点は2つです。
① 月給者の残業計算で使う「1時間当たり賃金（残業の基礎単価）」の分母（＝月平均所定労働時間）の端数処理を切り上げてよいか
② 欠勤控除単価にも同じ分母を使っている場合の整合性・労働者不利の有無
ステップ2：適用除外などの簡易確認
今回のテーマ（割増賃金の計算と端数処理）は、管理監督者等の個別論点は別として、一般には労基法の割増賃金ルールの枠内で「不足が出ないか」が中心です。端数処理が“常に労働者不利”になる形は問題になり得ます。 (労働局所在地一覧)
ステップ3：詳細（法解釈・公式見解）
(1) 割増賃金は「不足」があるとNG（大枠）
時間外・深夜・休日の割増賃金は、一定率以上で支払う必要があります。したがって、計算過程の処理の結果として**割増賃金が本来より少なくなる（不足する）**形は、労基法違反のリスクが出ます。
（根拠：割増賃金の支払義務、出典：厚生労働省「確かめよう労働条件（割増賃金）」） (チェック労働)
(2) 公式に「違反として取り扱わない」とされている端数処理は“限定列挙”
労働局のQ&A等では、割増賃金計算の端数処理として、事務簡便目的で、常に労働者不利にならない範囲の取扱いが示されています（例：月の時間外等の合計時間の端数を「30分未満切捨て／以上切上げ」、円未満の端数を「50銭未満切捨て／以上切上げ」等）。
（根拠：割増賃金計算の端数処理として違反扱いしない整理、出典：鹿児島労働局Q10） (労働局所在地一覧)
（根拠：同趣旨の端数処理（通達整理）資料、出典：愛知労働局PDF「賃金計算の端数の取扱い」）
ここで重要なのは、「月平均所定労働時間（＝月給を割って時給換算する分母）」を切り上げてよいという形では示されていない点です。
→ つまり、分母を切り上げて残業単価を下げる運用は、上記の“限定された端数処理の範囲”から外れ、結果として不足が出ればそのままリスクになります。 (労働局所在地一覧)
(3) そもそも「1時間当たり賃金額」は所定労働時間で割って出す（公式資料）
労働局の資料でも、月給制の「1時間当たり賃金額」は、月給を「1か月の（平均）所定労働時間」で割る形で示されています。 (労働局所在地一覧)
この分母を切り上げれば、機械的に1時間当たり賃金額が下がり、割増賃金も下がるので、質問者さんの懸念どおり「労働者不利（＝不足）」に直結し得ます。 (労働局所在地一覧)
(4) 欠勤控除単価との関係
同じ分母を欠勤控除にも使っている場合、分母切り上げは一般に 欠勤控除単価を下げる（控除が小さくなる）＝労働者有利 になりやすいです。
ただし、残業側では労働者不利になり得るため、「残業で不足が出ない」ことを優先すべきです。 (チェック労働)
実務上の落としどころ（おすすめ）
月平均所定労働時間は小数（例：173.33…）のまま保持し、計算は小数で進める
端数処理をするなら、公式に示されているように
円未満：50銭未満切捨て／以上切上げ（または会社側でより労働者有利に“常に切上げ”等でも可） (労働局所在地一覧)
どうしても「所定労働時間は整数で持ちたい」なら、分母の切り上げは避け、（少なくとも残業計算側は）切り捨て等で不足が出ない設計にするのが安全（＝残業単価が下がらない方向）。
根拠資料一覧
鹿児島労働局「時間外労働・休日労働・深夜労働 Q10（残業手当の端数処理）」 (労働局所在地一覧)
愛知労働局（PDF）「賃金計算の端数の取扱い」
厚生労働省「確かめよう労働条件：時間外・休日労働と割増賃金」 (チェック労働)
鳥取労働局（PDF）「割増賃金の基礎となる賃金とは？」（月給÷1か月（平均）所定労働時間の説明） (労働局所在地一覧)
注意事項・リスク
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